革命性的第三代測序?---全長轉錄組,微生物基因組,基因組de novo
?第三代基因測序技術又被為 “Single Molecule Real Time (SMRTTM) DNA Sequencing”(單分子實時DNA測序技術),該方法基于納米孔的單分子讀取技術,不需要擴增即可快速讀取序列。目前,Pacific Biosciences 公司已經成功推出了商業化的第三代測序儀PacBio RS平臺,使得第三代測序正式走入人們的視角。?
技術優勢:?
??更長的測序讀長 (平均讀長可超過10000 bp,有超過50%的讀長大于14000 bp),可大幅提高定位準確性及拼接效率,有利于闡釋基因組所發生的變異以及大尺度結構重排等信息并發現其相關的生物學意義。
??單分子實時檢測,模板制備時無需PCR擴增,每一條模板鏈都可獲得相應序列信息,數據覆蓋均勻,準確;可以檢測稀有變異;
??可同時獲得動力學信息,可進行甲基化等修飾堿基的直接測定;
??覆蓋深度幾乎不受序列中GC/AT含量差異的影響;
??從樣本制備到獲取序列信息簡便快捷;
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參考文獻
Donald S, Hagen T, Fabian G, et al. A single-molecule long-read survey of the human transcriptome [J]. Nature biotechnology, 2013.
Flusberg B A, Webster D R, Lee J H, , et al. Direct detection of DNA methylation during single-molecule,real-time sequencing [J]. Nat Method, 2010.
Chin C S, Alexander D H, Marks P, et al. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data [J]. Nat Methods, 2013.
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